Berberin là loại thuốc có hoạt tính kháng sinh chống viêm. Berberin có nguồn gốc thảo dược. Berberin điều trị nhiễm khuẩn đường ruột và không làm ảnh hưởng tới sự phát triển bình thường của hệ vi khuẩn có ích ở ruột. Một số kháng sinh đường ruột nếu dùng phối hợp với berberin sẽ hạn chế được tác dụng phụ gây ra bởi các thuốc kháng sinh đối với hệ vi sinh vật đường ruột. Thuốc Berberin được chỉ định điều trị với hội chứng lỵ, bệnh lỵ trực khuẩn, tiêu chảy, viêm ruột, viêm ống mật.

Berberin còn được bào chế thành thuốc nhỏ mắt điều trị viêm kết mạc, đau mắt đỏ do kích thích bên ngoài như (gió, nắng, lạnh, bụi, khói...) và điều trị bệnh đau mắt hột. Ngoài ra, thuốc còn giúp ngăn ngừa nhiễm nấm, bội nhiễm nấm và có tác dụng chống lại tác hại của vi khuẩn tả và E.coli ngoại độc tố bền với nhiệt.[6]